隧道采用沉管法进行施工，桩基作为隧道基础。管段沉放后，整个管段的重量将通过灌浆囊袋转由管底桩基承担；同时为处理管底与槽底的空隙，在管段中预留充填灌浆孔，充填灌浆待管底囊袋灌浆结束后进行，最终形成充填砂浆混合基础，与桩基共同承担荷载。根据江中桩基布置，管段中囊袋灌浆孔共4列，其中每一囊袋位置与江中桩基对应；充填孔3排，呈梅花型布置，孔位穿插于囊袋孔之间。考虑防水要求，在E1、E4管段与岸上结构连接处预留防水灌浆孔。E1管段北端预埋6只防水孔，单排对称布置，待管段沉放好后注入砂浆；E4管段与干坞坞口相通，为防止江水从管段底流入干坞，在该管段南端设23只灌浆孔，分3排布置；并于坞口两侧钢箱预留8只灌浆孔作备用。管段内所有灌浆孔均在管段施工时进行预埋，囊袋灌浆采用灌浆孔(孔径为φ102mm)与排气孔(孔径为φ60mm)双管结构；位于车道处的充填灌浆孔孔径为φ152mm，隔墙内的充填灌浆孔孔径为φ102mm；防水灌浆孔孔径为φ50mm。预埋灌浆孔均采用上端焊接法兰的无缝钢管，灌浆前须将另一与之配套的、带有球阀的法兰装好，待管段沉放到位后再连接灌浆管进行灌浆。由于管段内空间狭小，拌浆平台只能布置于已沉管段内，施工前须考虑送浆管的布置，尤其对于囊袋灌浆，因为此时管段端封门尚未打开，送浆管只能从测量孔中穿入管段。当灌浆管路过长时，可采用接力泵进行送浆，待灌浆结束后将法兰、球阀拆除，并用钢板将灌浆口(排气口)密封。